Такая ситуация у меня тоже была — редизайн поменял поведение пользователей: кнопки стали менее заметными, страницы загружались дольше. Я использовал проверку посещаемости
https://clickdaddy.pro/, чтобы понять, где люди чаще всего теряются. После корректировок время пребывания выросло, и через пару апдейтов позиции восстановились. Иногда дело не в SEO, а в UX.