В вашем случае лучше
покрыть крышу полностью заново, раз такая ситуация. Просто если появились вмятины, это значит, что защитное покрытие было повреждено. Вы, конечно, можете отдельные листы заменить, но учтите, что после повреждения защитного покрытия по материалу быстро расползается коррозия. То есть сейчас что-то замените, а потом через год-другой и остальное потребует замены.